La familia de la CMS abarca una gran diversidad de especies migratorias. En los Apéndices de la CMS figuran muchos mamíferos, incluidos los mamíferos terrestres, los mamíferos marinos y los murciélagos; aves; peces; reptiles y un insecto. Entre los instrumentos, el AEWA comprende 255 especies de aves que dependen ecológicamente de los humedales por lo menos durante parte de su ciclo anual. EUROBATS comprende 52 especies de murciélagos, el MdE sobre los tiburones siete especies de tiburones y el MdE del IOSEA sobre las tortugas marinas que comprende seis especies de tortugas marinas (junio 2013).
En la CMS, las especies amenazadas de extinción figuran en el Apéndice I, con descripción de las disposiciones pertinentes en los párrafos 4 y 5 del artículo III. Las Partes que son Estados del área de distribución para las especies incluidas en el Apéndice I están obligadas a proporcionarles una protección estricta.
Otras especies migratorias que necesitan o se benefician considerablemente de la cooperación internacional figuran en el Apéndice II. Estas especies, ya sea individualmente o por grupo taxonómico, constituyen la base para el establecimiento de instrumentos – regionales o mundiales – en el marco de la CMS.
La Conferencia de las Partes (COP) en la CMS puede decidir si añadir (o eliminar) una especie de los Apéndices, basándose en datos científicos fiables. Cualquiera de las Partes puede presentar tal propuesta a la COP, que será aprobada si cuenta con el apoyo de dos tercios de las Partes presentes y votantes. El cambio entra en vigor después de 90 días, salvo que una de las Partes notifique al Depositario su deseo de formular una reserva. Tanto el AEWA como EUROBATS aplican una disposición análoga (aunque los cambios entran en vigor después de 60 días en lugar de 90).
El Acuerdo sobre los gorilas comprende todas las especies y subespecies del género Gorilla – la taxonomía actual reconoce dos especies (Gorilla gorilla y Gorilla beringei), ambas con dos subespecies. En el artículo 1.2 del ASCOBANS se definen los “pequeños cetáceos” como toda especie, subespecie o población de ballenas dentadas Odonticeti, excepto el cachalote Physeter macrocephalus.