El principal órgano decisorio de la Convención es la Conferencia de las Partes (COP), que se reúne cada tres años. Para la mayoría de los acuerdos jurídicamente vinculantes, en lugar de una COP, existe una Reunión de las Partes o MOP (la excepción es el Acuerdo sobre las focas del Mar de Wadden que es supervisado por la Junta del Mar de Wadden y está integrado por representantes de los tres Estados del área de distribución, Dinamarca, Alemania y los Países Bajos). La MOP se reúne cada tres o cuatro años, según las disposiciones de cada Acuerdo concertado por las Partes. Los MdE tienen como órgano decisorio la Reunión de los Signatarios (MOS).

Los distintos órganos decisorios de los instrumentos de la familia de la CMS examinan los progresos realizados y las dificultades con que se ha tropezado en la implementación, y deciden sobre las prioridades para el siguiente período entre reuniones. Examinan también, según proceda, las cuestiones financieras de los instrumentos y establecen un presupuesto.

Las funciones de la COP de la CMS se describen en el artículo VII de la CMS.  La finalidad principal de la COP es evaluar y aprobar enmiendas a los Apéndices y adoptar resoluciones. La COP establece y revisa, además, el reglamento financiero de la CMS, aprueba el presupuesto para los tres años siguientes y examina la implementación de la CMS. En particular, la COP puede examinar y evaluar el estado de conservación de las especies migratorias y los progresos realizados para su conservación.

La COP está presidida por un Presidente, normalmente el representante del Gobierno anfitrión y es supervisada por una Mesa integrada por los oficiales electos de la reunión, el Presidente del Comité Permanente y del Consejo Científico y con el apoyo de la Secretaría. Las decisiones –tales como la elección de la Mesa, la aprobación de la agenda y del Reglamento, el establecimiento de comités y grupos de trabajo y, al final de la COP, las resoluciones son adoptadas por la Plenaria, es decir, la parte de la reunión a la que asisten todos los delegados. El examen detallado de las cuestiones generales de la COP corre a cargo del Comité Plenario, mientras que algunos asuntos especializados como el presupuesto se remiten a un comité o grupo de trabajo específico. Los comités y grupos de trabajo que se reúnen únicamente durante el curso de la reunión de un órgano decisorio se denominan “grupos de trabajo para la reunión”, mientras que los que continúan después de la clausura de la reunión se denominan “grupos de trabajo entre reuniones”. Éstos presentan reporte de sus conclusiones y formulan sus recomendaciones ya sea a la próxima reunión o bien al órgano subsidiario del órgano decisorio.

Las reuniones de los órganos decisorios siguen más o menos el mismo modelo que las de la CMS, pero tienden a ser de escala mucho más reducida, lo que refleja la composición menor de los instrumentos en comparación con la Convención patrocinadora.