El hecho de mantener el enlace con otras organizaciones que comparten las mismas metas u objetivos ofrece importantes oportunidades de colaboración. Por ejemplo, muchas organizaciones sin fines de lucro están trabajando eficazmente en la conservación y restauración. Algunas están bien establecidas y distribuidas en diferentes naciones, constituyendo una base para el desarrollo de relaciones transnacionales. Además, la colaboración con diferentes organizaciones puede contribuir a mejorar las competencias, ya que muchas de ellas tienen experiencia con actividades transversales, como la comunicación, la promoción y modalidades de presión, así como el establecimiento de asociaciones.

En algunos países, los PFN pueden disponer de operaciones específicas de las Naciones Unidas a nivel nacional que pueden resultar muy útiles para incorporar las estrategias nacionales en la planificación de actividades en los sectores económico y social además del medio ambiente. Disponen también de oportunidades para fomentar la asistencia internacional en forma de creación de capacidad, asistencia técnica y transferencia de tecnología que pueden promover la implementación de las estrategias nacionales. El principal vehículo de las Naciones Unidas para este tipo de asistencia a nivel nacional son los Marcos de Asistencia de las Naciones Unidas para el Desarrollo (MANUD). Tales marcos se elaboran en consulta con los gobiernos de países en desarrollo, a fin de centrar en las prioridades nacionales la asistencia de las Naciones Unidas y la prestación de apoyo de los equipos de las Naciones Unidas. En el MANUD se incluyen los resultados, las actividades y las responsabilidades de los organismos de las Naciones Unidas que acuerdan los gobiernos.

Por lo que respecta a los PFN de países en desarrollo, es importante establecer un diálogo con sus equipos de las Naciones Unidas y las entidades nacionales para asegurar que las estrategias nacionales para las especies migratorias formen parte de los marcos de desarrollo. Una vez que formen parte del marco, se abrirán las oportunidades para la asistencia, el asesoramiento y la posible ayuda financiera para la prestación de apoyo a la implementación de la estrategia. Al ser parte del diálogo, también el establecimiento o el examen de los MANUD contribuirán a mejorar la coordinación y posiblemente a incorporar las estrategias del país respecto de las especies migratorias junto con otros sectores que también reciben el apoyo del MANUD. Serán asimismo importantes los vínculos con otras cuestiones medioambientales y estrategias de los AMUMA, sobre todo para las cuestiones que tienen elevada prioridad en los marcos de asistencia nacionales, tales como el cambio climático, el agua y el manejo de desechos, los productos químicos y el manejo de la biodiversidad. Además, el fomento de un entendimiento común sobre cómo armonizar las estrategias de implementación en materia de especies migratorias con las prioridades mundiales fundamentales, tales como los Objetivos de Desarrollo del Milenio (ODM) y los futuros objetivos de desarrollo sostenible (ODS) así como las Metas de Aichi para la biodiversidad mejorarán las posibilidades de que el MANUD acepte las estrategias respecto de las especies migratorias.

El Fondo para el Medio Ambiente Mundial (FMAM) es un mecanismo financiero muy eficaz a nivel nacional. No se trata de un mecanismo financiero para la CMS y sus instrumentos, si bien financia de hecho proyectos y actividades sobre la biodiversidad y las EPANB. Puede resultar útil, por tanto, para impulsar la labor de un país relacionada con las especies migratorias en el contexto más amplio de la biodiversidad.

Hay una serie de organizaciones internacionales, intergubernamentales y no gubernamentales, que tienen competencias, mandatos y recursos que les permiten ayudar a los países en relación con las estrategias nacionales y los planes de implementación. Entre tales organizaciones intergubernamentales cabe incluir a la Organización de las Naciones Unidas para la Alimentación y la Agricultura (FAO), la Universidad de las Naciones Unidas (UNU), el Instituto de las Naciones Unidas para Formación Profesional e Investigaciones (UNITAR) y otros, incluidas las organizaciones regionales. Entre las organizaciones no gubernamentales se incluye a la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN), el Fondo Mundial para la Naturaleza (WWF), Fauna y Flora Internacional (FFI), el Instituto de Recursos Mundiales (WRI), The Nature Conservancy (TNC), BirdLife International, Wetlands International y otros.

La implementación de los instrumentos puede apoyarse también mediante talleres, reuniones y actividades fuera de los procesos institucionales formales. Estas actividades pueden llevarse a cabo conjuntamente con la Secretaría/ Unidad de Coordinación y los Estados Miembros del instrumento.