Le principal organe décisionnaire de la Convention est la Conférence des Parties (COP – de l’anglais Conference of the Parties), qui se réunit tous les trois ans. À la place d’une COP, la plupart des Accords contraignants ont une Réunion des Parties (MOP - de l’anglais Meeting of the Parties) (à l’exception de l’Accord sur la Conservation des Phoques de la Mer de Wadden, supervisé par le conseil d’administration de la mer des Wadden, constitué de représentants des trois États de l’aire de répartition, le Danemark, l’Allemagne et les Pays-Bas) ; la MOP se réunit tous les trois ou quatre ans, selon les dispositions de chaque Accord convenues par les Parties. Les MdE ont des Réunions des signataires (MOS - de l’anglais Meeting of the Signatories)

Les différents organes décisionnaires de la Famille de la CMS évaluent les progrès réalisés et les difficultés rencontrées au cours de la mise en œuvre et décident des priorités pour la prochaine période intersession. Le cas échéant, ils évaluent également les finances de l’instrument et établissent un budget.

Le rôle et les fonctions de la COP de la CMS sont présentés dans l’Article VII de la CMS. Le principal objectif de la COP est d’évaluer les amendements, de trouver un consensus à leur sujet et d’adopter des résolutions. Par ailleurs, la COP établit et étudie les règlements financiers de la CMS, adopte le budget des trois prochaines années et évalue la mise en œuvre de la CMS. La COP est notamment susceptible d’examiner et d’évaluer l’état de conservation des espèces migratrices et les progrès réalisés en matière de conservation.

La COP est présidée par un Président, généralement le représentant du gouvernement organisateur, et est supervisée par un Bureau constitué des membres élus de la réunion, du Président du Comité permanent et du Conseil scientifique et soutenu par le Secrétariat. Les décisions, telles que l’élection de membres, l’adoption du programme et du Règlement intérieur, la création de Comités et de Groupes de travail et, à la fin de la COP, l’adoption de résolutions, sont prises par l’Assemblée plénière, cette partie de la réunion où tous les délégués sont présents. Les débats détaillés des affaires générales de la COP sont menés par le Comité plénier ; certains sujets spécifiques, tels que le budget, sont redirigés vers un comité ou groupe de travail dédié. Les Comités ou Groupes de travail qui se réunissent uniquement pendant une réunion d’un organe décisionnaire sont appelés « Groupes de travail en session », tandis que ceux qui poursuivent le travail après l’issue de la réunion sont appelés « Groupes de travail intersessions ». Ces derniers rendent compte de leurs conclusions et émettent leurs recommandations lors de la prochaine réunion de l’organe subsidiaire ou de l’organe décisionnaire.

Les réunions des organes décisionnaires suivent plus ou moins le même schéma que celles de la CMS, mais elles ont tendance à être plus restreintes, reflétant le nombre moins élevé de membres des instruments par rapport à ceux de la Convention mère.