La familia de la CMS abarca una gran diversidad de especies migratorias. En los Apéndices de la CMS figuran muchos mamíferos, incluidos los mamíferos terrestres, los mamíferos marinos y los murciélagos; aves; peces; reptiles y un insecto. Por ejemplo entre los instrumentos, el AEWA comprende 255 especies de aves que dependen ecológicamente de los humedales por lo menos durante parte de su ciclo anual. EUROBATS comprende 52 especies de murciélagos, el MdE sobre los tiburones siete especies de tiburones y el MdE del IOSEA sobre las tortugas marinas que comprende seis especies de tortugas marinas.
En la CMS, las especies amenazadas de extinción figuran en el Apéndice I. Las Partes que son Estados del área de distribución para las especies incluidas en el Apéndice I están obligadas a proporcionarles una protección estricta.
Otras especies migratorias que necesitan o se benefician considerablemente de la cooperación internacional figuran en el Apéndice II. Estas especies, ya sea individualmente o por grupo taxonómico, constituyen la base para el establecimiento de instrumentos – regionales o mundiales – en el marco de la CMS