Las secretarías y las unidades de coordinación proporcionan apoyo administrativo a sus instrumentos. Normalmente, el órgano decisorio del instrumento determina el presupuesto que deberá asignarse a la Secretaría/Unidad de Coordinación incluido el número de puestos y funciones. En los casos en que el MdE dispone de unidades de coordinación específicas, estas son financiadas generalmente con contribuciones voluntarias.

La Secretaría de la CMS desempeña las funciones de secretaría  para el ASCOBANS, el Acuerdo sobre los gorilas y para los MdE que no disponen de una unidad de coordinación específica. Las Secretarías de la CMS y varios otros instrumentos administrados para el PNUMA comparten los locales en Bonn, algunos son administrados por el PNUMA, pero están ubicados en otra parte (los MdE sobre los rapaces y los dugongos que disponen de una unidad de coordinación acogida por la Agencia de Medio Ambiente de Abu Dhabi en los Emiratos Árabes Unidos, y el MdE del IOSEA sobre las tortugas marinas tiene su sede en la Oficina Regional del PNUMA en Bangkok [Tailandia]). El ACAP, el ACCOBAMS y el Acuerdo sobre las focas del Mar de Wadden no están administrados por el PNUMA y sus secretarías tienen su sede en Hobart (Australia), Mónaco y Wilhelmshaven (Alemania), respectivamente.