La Famille de la CMS couvre une grande variété d’espèces migratrices. Les Annexes de la CMS comptent de nombreux mammifères (dont des mammifères terrestres, marins et des chauves-souris), des oiseaux, des poissons, des reptiles et un insecte. Par exemple parmi les instruments, l’AEWA couvre 255 espèces d’oiseaux qui sont écologiquement dépendantes des zones humides pendant au moins une partie de leur cycle annuel. EUROBATS couvre 52 espèces de chauves-souris, le MdE Requins sept espèces de requins et le MdE de l’IOSEA six espèces de tortues marines.
Au titre de la CMS, les espèces menacées d’extinction figurent à l’Annexe I. Les Parties qui sont des États de l’aire de répartition des espèces de l’Annexe I sont obligées d’accorder à ces dernières une protection stricte.
Les autres espèces migratrices qui ont besoin ou bénéficient grandement d’une coopération internationale figurent à l’Annexe II. Ces espèces, que ce soit de manière individuelle ou par groupe taxonomique, constituent la base en vue d’établir des instruments, au niveau régional ou international, sous l’égide de la CMS.