El principal órgano decisorio de la Convención es la Conferencia de las Partes (COP), que se reúne cada tres años. Para la mayoría de los acuerdos jurídicamente vinculantes, en lugar de una COP, existe una Reunión de las Partes o MOP (la excepción es el Acuerdo sobre las focas del Mar de Wadden que es supervisado por la Junta del Mar de Wadden y está integrado por representantes de los tres Estados del área de distribución, Dinamarca, Alemania y los Países Bajos). La MOP se reúne cada tres o cuatro años, según las disposiciones de cada Acuerdo concertado por las Partes.