La Famille de la CMS couvre une grande variété d’espèces migratrices. Les Annexes de la CMS comptent de nombreux mammifères (dont des mammifères terrestres, marins et des chauves-souris), des oiseaux, des poissons, des reptiles et un insecte. Parmi les instruments, l’AEWA couvre 255 espèces d’oiseaux qui sont écologiquement dépendantes des zones humides pendant au moins une partie de leur cycle annuel. EUROBATS couvre 52 espèces de chauves-souris, le MdE Requins sept espèces de requins et le MdE de l’IOSEA six espèces de tortues marines (juin 2013).
Au titre de la CMS, les espèces menacées d’extinction figurent à l’Annexe I, les dispositions pertinentes étant présentées dans l’article III, paragraphes 4 et 5. Les Parties qui sont des États de l’aire de répartition des espèces de l’Annexe I sont obligées d’accorder à ces dernières une protection stricte.
Les autres espèces migratrices qui ont besoin ou bénéficient grandement d’une coopération internationale figurent à l’Annexe II. Ces espèces, que ce soit de manière individuelle ou par groupe taxonomique, constituent la base en vue d’établir des instruments, au niveau régional ou international, sous l’égide de la CMS.
La Conférence des Parties de la CMS (COP) peut décider d’ajouter (ou de supprimer) une espèce des Annexes sur la base de preuves scientifiques fiables. Toute Partie peut faire une telle proposition lors de la COP, qui sera adoptée si elle est soutenue par le vote des deux tiers des Parties présentes. Le changement prend effet au bout de 90 jours, à moins qu’une Partie signale au dépositaire qu’elle souhaite émettre une réserve. L’AEWA a une disposition similaire, tout comme EUROBATS (bien que le changement soit effectif au bout de 60 jours au lieu de 90).
L’accord Gorilla couvre toutes les espèces et sous-espèces du genre Gorilla – la taxonomie actuelle reconnaît deux espèces (Gorilla gorilla et Gorilla beringei), qui ont toutes les deux des sous-espèces. L’article 1.2 (a) de l’ASCOBANS définit les « petits cétacés » comme toute espèce, sous-espèce ou population d’odontocètes
(Odonticeti), excepté le cachalot Physeter macrocephalus.
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