Les Secrétariats et Unités de coordination apportent un soutien administratif à leur instrument. Généralement, l’organe décisionnaire de l’instrument détermine le budget alloué au Secrétariat/à l’Unité de coordination, y compris le nombre de postes et de fonctions. Lorsque les MdE ont une Unité de coordination dédiée, elles sont habituellement financées par des contributions volontaires.
Le Secrétariat de la CMS agit comme secrétariat pour l’ASCOBANS, l’Accord Gorilla et les MdE qui ne disposent pas d’une Unité de coordination dédiée. Les Secrétariats de la CMS, ainsi qu’un certain nombre d’autres instruments administrés par le PNUE, partagent des locaux à Bonn, certains sont administrés par le PNUE mais sont situés ailleurs (les MdE Rapaces et Dugongs disposant d’une Unité de coordination basée à l’Agence pour l’environnement d’Abou Dhabi, aux Émirats Arabes Unis et le MdE sur les tortues marines de l’IOSEA étant basé dans le Bureau régional du PNUE à Bangkok, en Thaïlande). L’ACAP, l’ACCOBAMS et l’Accord sur la Conservation des Phoques de la Mer de Wadden ne sont pas administrés par le PNUE et leur Secrétariat est basé respectivement à Hobart (Australie), Monaco et Wilhelmshaven (Allemagne.