La mise en oeuvre transfrontalière fait partie intégrante des instruments de la Famille de la CMS en raison de la nature migratrice des espèces qu’ils couvrent. Par conséquent, une mise en oeuvre effective doit résulter de la coopération et de la coordination entre plusieurs nations pertinentes pour une espèce migratrice particulière. À travers les contacts et la communication, les PFN sont des acteurs importants dans la promotion de la coopération transnationale. Plusieurs programmes de coopération ont été développés pour la gestion des ressources partagées relatives aux espèces migratrices ou pour la conservation d’espèces particulières.
Les processus de consultation sous-régionale sont extrêmement utiles pour améliorer l’échange d’informations entre différents acteurs qui n’auraient sans cela pu être en contact les uns avec les autres.
D’autres AEM fournissent des exemples utiles de coopération sous-régionale. Par exemple, la Convention de Ramsar et la Convention sur le patrimoine mondial encouragent leurs États membres à désigner des sites spécifiques sur lesquels les individus, les communautés et les nations travaillent pour protéger les habitats. Pour la Famille de la CMS, l’identification de corridors de migration entre les pays nécessite une coopération solide. L’objectif est de relier les réseaux d’aires protégées de part et d'autre des frontières internationales et ne relevant éventuellement d'aucune juridiction nationale en créant des corridors de migration.* La collaboration transfrontalière est encore une fois un outil essentiel pour soutenir les objectifs des instruments de la Famille de la CMS. Dans le même temps, la mise en place de corridors de migration peut aider à sensibiliser le public et les gouvernements, comme c’est le cas lorsque la Convention de Ramsar désigne un site.
*Voir p. ex. la décision VII/28, annexe, activité 1.3.7 du programme de travail sur les aires protégées en titre de la CDB.